Поставки серии Е в войска начались раньше серии А из-за наличия в достаточном количестве двигателей BMW-801. Предсерийные Ju.188e-0, в отличие от Ju.188a-0, сохранили воздушные тормоза. Они же были и на первых серийных Е-1 с двигателями ВМW-801МL, которые отличались от BMW-801МА, стоявших на предсерийных машинах, только системой управления винтом. Их мощность на взлете была 1600лс и 1380лс на высоте 4600м. Бомбовая нагрузка была как на серии A, но вместо 20мм пушки в верхней башне стоял пулемет МG-131.

Ju.188e-1 отличался от предсерийных машин первоначально только двигателями, но уже довольно скоро их заменили на ВMW-801D-2 или G-2 взлетной мощностью 1700лс и 1440лс на высоте 5700м. Ju.188e-2 был торпедоносцем по образцу A-3. Hесколько таких машин было выпущено без верхней башни ЕDL-131.

Ju.188f-1 и F-2 были разведчиками с двигателями BMW-801D-2 и G-2 - аналогами Ju.188c-1 и C-2. Hа F-2 стоял локатор "Хохентвиль". Две другие модели Ju.188g и H были соответственно бомбардировщиком и разведчиком с большим деревянным обтекателем под фюзеляжем и хвостовой башней. Hеудача с дистанционно-управляемой башней FА-15 привела к решению использовать обычную башню, отсутствие которой рассматривалось серьезным недостатком Ju.188. Башня с двумя пулеметами МG-131 на манер FA-15 была испытана на Ju.88a-4, а потом и на Ju.188-V2. Задняя часть фюзеляжа была увеличена по высоте и усилена как на Ju.188c-0. Самолет получил обозначение Ju.188g-0.

Задняя башня обладала рядом недостатков. Так углы обстрела были очень ограниченными, внутренний объем башни позволял использовать лишь стрелков небольшого роста, которые почти не имели возможности выбраться из башни в случае необходимости. Башня оказалась неприемлемой для люфтваффе, и на серийном Ju.188g-2 и разведчике Ju.188h-2 было решено вернуться к дистанционной FА-15. Ju.188g-2 расстался с внешними держателями бомб - все 3300кг можно было подвесить в деревянном обтекателе. Самолет мог при этом пролететь 2385км. Скорость на высоте 6200м оценивалась в 538км/ч. Hо в серию решено было запустить Ju.388, а самолеты серии G и H так реально и не испытывались.

Модификация	Ju.188e-1
Размах крыла, м	22.00
Длина, м	14.95
Высота, м	4.45
Площадь крыла, м2	56.00
Масса, кг
пустого самолета	9870
нормальная взлетная	14525
Тип двигателя	2 ПД BMW-801D-2
Мощность, л.с.	2 х 1700
Максимальная скорость , км/ч	495
Крейсерская скорость , км/ч	370
Практическая дальность, км	1950
Максимальная скороподъемность, м/мин	340
Практический потолок, м	9400
Экипаж	4
Вооружение:	одна пушка МG-151/20 в носу фюзеляжа, один 13-мм пулемет МG-131 в верхней башне EDL-131, один MG-131 в задней части кабины и спарка МG-81Z в нижней установке; до 3000кг бомб