С-103, использовавшиеся военной авиацией, именовались C-3D. Каждая часть чехословацких ВВС получала по одному такому самолету для транспортных целей. Для военных строили специально С-3А - учебный для подготовки пилотов, C-3AN - летающий штурманский класс, С-3АF - аэрофотосъемочный. Последний имел одинарное управление и нес три фотоаппарата: Rb20/30, Rb50/30 и Rb75/30 (все - немецкие). Внешне C-3AF отличался большим обзорным блистером на правом борту и еще одним дополнительным окном с той же стороны. У этого окна при необходимости устанавливался пулемет. В 1950-1958-х годах эти машины переделывались в гражданские картографические C-3AFG. К трем уже имевшимся камерам добавили еще четыре, в том числе две перспективные - вперед и вбок, и ручной фотоаппарат у штурмана.

На базе немецкого Si-204E чехи подготовили свою модификацию С-3В, использовавшуюся не только в качестве учебно-боевой, но и как "настоящий" бомбардировщик. Дело в том, что к концу 1940-х полученные сразу после войны Пе-2 и "Москито" износились, а реактивные Ил-28 из СССР еще не поступили. Единственным бомбардировщиком чехословацких ВВС в этот период был С-3В. Существовало несколько подвидов этой модификации. Базовый вариант, бомбардировщик, нес до 800 кг бомб калибра до 250 кг на наружной и внутренней подвесках. Из стрелкового вооружения имелся только один пулемет в окне правого борта. Часть машин несла четыре 13-мм пулемета vz.131 (это тот же самый MG 131). Один монтировался на турели DL 131 сверху, два стояли в носовой части фюзеляжа неподвижно и четвертый - в окне. На каждый пулемет имелось по 500 патронов. От Si-204E эти машины внешне отличались блистером над кабиной в средней части фюзеляжа - для астронавигации. Экипаж С-3В состоял из четырех человек: пилота, штурмана, радиста и стрелка. Часть первых С-3В представляла собой переделку трофейных немецких Si-204D. Последним вариантом С-3В являлся C-3BV - буксировщик мишеней-рукавов. Это были разоруженные боевые машины.

В конце 1940-х С-3В являлся основным бомбардировщиком чехословацких ВВС. Например, ими были полностью вооружены 24-й и 25-й полки в Гавличковом Броде - всего около 60 машин. На параде 25 октября 1949-го 60 "Зибелей" прошли в строю над Прагой. С 1950-го С-3В постепенно снимали с вооружения и передавали в гражданскую авиацию и местное оборонное общество "Свазарм". В последнем два "Зибеля" летали до 1960-го.

Модификация	C-3A
Размах крыла, м	21.28
Длина, м	11.95
Высота, м	4.28
Площадь крыла, м2	46.00
Масса, кг
пустого самолета	3960
максимальная взлетная	5400
Тип двигателя	2 ПД Argus As 411
Мощность, л.с.	2 х 580
Максимальная скорость , км/ч	380
Крейсерская скорость , км/ч	310
Практическая дальность, км	1410
Практический потолок, м	7500
Экипаж, чел	2
Полезная нагрузка:	6-9 пассажиров