В период 1933-1934 выпускалась еще одна модификация самолета Letov S-39 - S-239, с новым двигателем Walter "Minor" 4 мощностью 62 кВт (85 л.с.). Так же была усовершенствована конструкция планера, главным образом крыло и шасси. Аэроклубы и MLL получили в общей сложности 15 штук S-239.

Модификация	S-239
Размах крыла, м	10.00
Длина самолета,м	6.14
Высота самолета,м
Площадь крыла,м2	14.00
Масса, кг
пустого самолета	375
максимальная взлетная	580
Тип двигателя	1 ПД Walter Minor 4
Мощность, л.с.	1 х 85
Максимальная скорость, км/ч	174
Крейсерская скорость, км/ч	140
Практическая дальность, км	420
Практический потолок, м	4700
Экипаж, чел	2