Еще одно направление в развитии "Альбатроса" возникло, когда "Аэро-Водоходы" решили принять участие в программе JPATS (Joint Primary Aircraft Training System), предусматривавшей создание единого учебно-тренировочного самолета первоначальной подготовки для Вооруженных сил США В этом конкурсе испытали свои силы почти все известные мировые компании, занимавшиеся созданием УТС. Водоходовцы стали примеряться к американским требованиям еще в 1990 г., параллельно изучая возможности "вестернизации" серийного L-39C и улаживая с СССР спорные вопросы, связанные с использованием на машине советского оборудования. Работы над самолетом, названным L-139 Super Albatros (или Albatros 2000), велись под руководством Доброе лава Рака. В 1991 г. был заключен ряд соглашений с западными партнерами. 15 июня "Аэро-Водоходы" подписали меморандум с американской компанией Garrett, позже вошедшей в состав корпорации Allied Signal. Он касался использования на "Супер Альбатросе" двигателя "Гарретт" TFE 731-4. который развивал практически такую же тягу, что и АИ-25ТЛ - порядка 1800 кгс, но выгодно отличался от него меньшим на 15% расходом топлива. В сентябре начались конструкторские работы, связанные с пересадкой нового "сердца", а из Штатов прибыл макет "Гарретта" для практической отработки компоновочных решений. Предполагалось, что различные агрегаты для силовой установки самолета, включая ВСУ, будут поставлять американские фирмы Abex, Ametek, Lucas.

Кроме того, машину решили оснастить целым рядом новых систем заокеанского производства. Прежде всего, следует отметить прицельно-навигационный комплекс, который включал ИЛС. близкий к использованному на F/A-18. Существенную помощь водоходовцам в этой работе оказали компании Bendix King и Flight Vision. У фирмы Litton была приобретена бортовая кислородная система OBOGS (On Board Oxygen Generation System), применяемая на самолетах ВМС США. На "Супер Альбатросе" собирались установить бортовую систему учета усталости планера FMS (Fatique Monitoring System) компании Esprit, что должно было позволить довести ресурс планера до 10000 летных часов. К проекту также привлекли британскую компанию Martin Baker, при содействии которой чехи доработали свое новое катапультное кресло VS-2. получившее обозначение VS-2A. Особенностью новой системы спасения летчика стало катапультирование сквозь остекление фонаря кабины, что характерно для многих британских самолетов. В довершение всего подкрыльевые узлы были приспособлены под системы вооружения, применяемые в НАТО.

Была предпринята попытка наладить сотрудничество с какой-либо крупной американской самолетостроительной компанией. Интерес проявила General Dynamics, однако из-за внутренних проблем этой фирмы сотрудничество быстро свернули.

В 1992 г. "Аэро-Водоходы" начали постройку двух прототипов, которые планировали собрать в следующем году. Однако из Штатов прибыл лишь один двигатель, и. не дождавшись второго, чехи решили завершить постройку одного L-139 (сер. № 5501). Чтобы успеть показать машину на очередном авиасалоне в Ле Бурже, работы велись круглосуточно в бешеном темпе. Старались как чешские, так и американские специалисты. В начале апреля самолет выкатили из цеха, после чего на протяжении месяца он проходил наземные испытания. Первый вылет состоялся 8 мая 1993 г. Машину поднял в воздух экипаж в составе летчиков-испытателей Станислава Воганки и Ладислава Шныдра. Дебют оказался успешным. В тот день самолет летал еще дважды, причем в третьем полете был выполнен полный комплекс высшего пилотажа. До начала работы авиасалона L-139 успел совершить 25 полетов. В Париж он отправился своим ходом и получил на выставке неплохое реноме. В том же году "139-й" выставляли в Турции и Дубае, где он вызывал неизменный интерес, однако до заключения контрактов дело так и не дошло. Не устроила машина и американцев, которые выбрали турбовинтовой Р-9 швейцарской фирмы Pilatus.

Чехи еще несколько лет пытались найти покупателей на L-139. Так. в 2000 г. самолет демонстрировали представителям ВВС Венесуэлы и Колумбии. Однако и эти смотрины окончились ничем. Тем не менее, работа над "Супер Альбатросом" дала "Аэро-Водоходам" весьма полезный опыт, позднее пригодившийся при создании легкого боевого самолета L-159.

Модификация	L-139
Размах крыла, м	9.44
Длина самолета,м	12.13
Высота самолета,м	4.47
Площадь крыла,м2	18.80
Масса, кг
пустого самолета	3460
нормальная взлетная	4550
максимальная взлетная	6000
Топливо, кг
внутренние топливо	980
ПТБ	1088 (2 х 350 л)
Тип двигателя	1 ТРДД Allied Signal (Garrett) TFE731-4
Тяга, кН	1 х 18.15
Максимальная скорость, км/ч	760 (М=0.8)
Крейсерская скорость, км/ч	710
Практическая дальность, км
без ПТБ	1650
с ПТБ	2900
Максимальная скороподъемность, м/мин	1344
Практический потолок, м	12000
Макс. эксплуатационная перегрузка	8
Экипаж, чел	2
Вооружение:	одна 23-мм двухствольная пушка ГШ-23Л с150 патронами. боевая нагрузка - 1290 кг на 4 узлах подвески 2 УР воздух-воздух Р-3(АА-2) или Р-60(АА-8), 2 450 -, 4 250-, 6 125-кг бомбы, 4 ПУ 130-мм НУР C-130, ПУ УВ-16-57 16х57-мм НУР. 2 контейнера с пушечным вооружением и 1 контейнер с разведывательной аппаратурой