Параллельно с созданием постановщика активных помех Ту-16СПС в ОКБ-156 разрабатывался постановщик пассивных помех, получивший обозначение Ту-16 "Елка". Во всю длину его грузоотсека располагались 7 автоматов сброса пассивных помех АСО-16. В створках отсека имелись вырезы (на левой - три, на правой - четыре) для выводных горловин автоматов. В незанятом объеме отсека можно было подвешивать бомбовое вооружение. Кроме того, на Ту-16 "Елка" устанавливалась помеховая станция СПС-4 "Модуляция", ее обтекатель каплевидной формы крепился перед грузоотсеком При снятии АСО-16 самолет превращался в полноценный бомбардировщик. В 60-е гг. на машины этой модификации в дополнение к семи АСО-16 стали устанавливать два автомата АПП-22. В этом случае места для размещения бомб уже не оставалось.

В 1957 г. завод №1 выпустил 42 серийных Ту-16 "Елка" с системой дозаправки топливом в полете, еще 10 машин в том же году сдал ВВС завод №64 Кроме того, 19 бомбардировщиков завода №22 были переоборудованы в этот вариант (все они имели систему дозаправки). Таким образом, в общей сложности ВВС получили 71 постановщик помех этой модификации. В дальнейшем самолеты Ту-16 "Елка" неоднократно модернизировались и дорабатывались, постепенно приближаясь по характеристикам к Ту-16П, становясь комбинированными постановщиками активных и пассивных помех.

Еще один вариант постановщика пассивных помех, получивший обозначение Ту-16Е или изделие "НЕ" (в частях эту модификацию также часто называли "Елка"), по составу помехового оборудования был близок к Ту-16Р. Так же, как и на разведчике, на нем в задней части грузоотсека устанавливалась кабина спецоператора и одна из станций СПС-1, СПС-2 или СПС-2К "Пион". Там же устанавливались два блока AGO-16. В передней части отсека сохранялись бомбодержатели, но со временем место бомб заняли дополнительные АСО-16, ставились также два автомата АПП-22. С 1957 г. в течение трех лет на заводе №1 был выпущен 51 Ту-16Е. Еще 38 машин в 1958 г. выпустил завод №22, все с системой дозаправки топливом в воздухе. Внешне Ту-16Е отличались от Ту-16 "Елка" вырезами в створках гру-зоотсека под входной люк кабины оператора.

В грузоотсеках некоторых Ту-16 "Елка" и Ту-16Е установили станции СПС-61, СПС-62 , СПС-63, СПС-64, СПС-65 или СПС-66, которые объединялись общим названием "Азалия". В экипаж самолета, получившего обозначение Ту-16Е "Азалия", спецоператор не входил. На машинах с СПС-61, СПС-62 и СПС-63 устанавливались также станции СПС-6 "Лось", а на самолетах с СПС-64, СПС-65 и СПС-66 - станции СПС-5 "Фасоль". В незанятой части грузоотсека подвешивались бомбы или автоматы АСО-16 и АПП-22. На Ту-16 "Елка" антенна "Азалии" располагалась в передней части грузоотсека, а на Ту-16Е - на месте входного люка демонтированной подвесной гермокабины. На большинстве самолетов Ту-16Е "Азалия" вместо ДК-7 устанавливался хвостовой обтекатель.

В некоторых Ту-16 "Елка" и Ту-16Е "Азалия" устанавливались также станции постановки активных помех СПС-1 ООА и СПС-100М, на части машин устанавливалась система оповещения об облучении СПО-15 "Береза". В конце 1970-х гг. на этих постановщиках помех начали размещать станции СПС-151, СПС-152 или . СПС-153 из комплекта "Сирень". В эксплуатации машины постоянно дорабатывались как по составу оборудования, так и по самолетным системам. Несколько Ту-16Е было переоборудовано в вариант Ту-16ER на котором вместо станции СПС-2 установили станции радиотехнической разведки СРС-1.

Модификация	Ту-16Е
Размах крыльев, м	33.00
Длина, м	35.20
Высота, м	10.40
Площадь крыла, м2	164.65
Масса, кг
пустого самолета	37200
нормальная взлетная	72000
максимальная взлетная	79000
Топливо, кг	36000
Тип двигателя	2 ТРД РД-3М
Тяга, кгс	2 х 9500
Максимальная скорость, км/ч	1050
Крейсерская скорость, км/ч	780
Перегоночная дальность, км	7200
Боевой радиус действия, км	3100
Практический потолок, м	12200
Экипаж, чел	9