Дальнейшая программа предусматривала двухэтапную модернизацию - Jaguar 96 и Jaguar 97. Доработанные самолеты обозначались GR.Mk 3 (одноместные) и T.Mk 4 (двухместные). На промежуточном этапе программы (Jaguar 96) самолеты получали новые индикаторы на фоне лобового стекла, цифровые карты местности, приемники спутниковой навигации и систему предупреждения о близости земли BASE Terprom. Четыре самолета Jaguar 96 дополнительно получили возможность использования контейнеров TIALD и разведывательных контейнеров Vinten Series 603 GP(1). Как уже отмечалось, Jaguar 96 являлся переходным вариантом к Jaguar 97, причем до уровня Jaguar 97 было намечено доработать весь парк. Первым в вариант Jaguar 96 модернизировали самолет ХХ738, впервые поднявшийся в воздух после доработки в январе 1996 года.

Полноценный Jaguar 97 оснащался жидкокристаллическим дисплеем для отображения информации от аппаратуры контейнера TIALD и цифровой картой местности. Все самолеты Jaguar 97 совместимы с контейнерами TIALD и разведывательными контейнерами. Также самолеты оборудовались нашлемными индикаторами и новой системой планирования боевого задания. На нашлемный индикатор выводилась информация от аппаратуры TLALD, головок самонаведения ракет "воздух-воздух", а также заранее введенные данные о препятствиях и угрозах по маршруту полета.

Jaguar GR. Mk 3 стал одним из самых эффективных истребителей-бомбардировщиков, состоящих на вооружении. Аналогичными системами предполагают оснастить истребители следующего поколения Typhoon.

Модернизация Jaguar коснулась не только его бортового оборудования. Одним из недостатков самолета считалась недостаточная мощность его двигателей. На Jaguar 97 запланировали установить новые двигатели Adour Mk 106 с тягой на 25% большей, чем у двигателей Adour Mk 104. Первый самолет GR. Mk 3А с новыми двигателями поступил на вооружение 28 января 2002 года. Двухместные машины с Mk 104 получили обозначение T.Mk 4А.

Модернизированные самолеты лучше всех британских истребителей-бомбардировщиков подходили для операций в Ираке и Афганистане, однако по политическим и экономическим причинам было принято решение о прекращении эксплуатации самолетов Jaguar с октября 2007 года. Одну эскадрилью таких самолетов - 6-ю - хотели все же сохранить для подготовки пилотов самолетов Typhoon ударной модификации. Но из-за сокращения военного бюджета и необходимости сохранения в условиях недофинансирования всемирно известной пилотажной группы "Red Arrows", командование ВВС Великобритании решило отказаться от совсем недавно модернизированных самолетов. Процесс вывода их из эксплуатации начался даже с опережением графика - 30 апреля 2007 года. Это решение политиков оставило британские ВВС без самых совершенных ударных самолетов как раз в тот момент, когда они были нужны.

Модификация	Jaguar GR.Mk.3
Размах крыла, м	8,69
Длина самолета, м	16,42
Высота самолета, м	4,92
Площадь крыла, м2	24.00
Масса, кг
пустого самолета	7000
нормальная взлетная	11000
максимальная взлетная	15500
Запас топлива, л
внутренний	3337
ПТБ	3 х 1200
Тип двигателя	2 ТРДДФ Аdour Mk. 104
Тяга, кгс
максимальная	2 х 2300
на форсаже	2 х 3580
Максимальная скорость, км/ч:
у земли	1300
на высоте 11000 м	1800 (М=1.5)
Перегоночная дальность, км	4210
Боевой радиус действия, км	575-1315
Практический потолок, м	14300
Макс. эксплуатационная перегрузка	7.5
Экипаж, чел	1
Вооружение:	две 30- мм пушки Aden Mk.4 (боезапас 300 патронов) - Максимальная боевая нагрузка - 4763 кг. на 5 узлах подвески. 8х 454 кг бомбы, 11х 227 кг бомб, 6 BL755 или CBU-87 кластерные бомбы, 6 JP233 антиаэродромных бомб и ПУ 19х70-мм или 36х68-мм НУР, 8х 454 кг бомбы с лазерным наведением Mk.13/18 Paveway II, 2 ПРЛУР AJ168(AS.37) Martel или 2 УРВВ Magic. ПУ НУР 180х68 мм.