Был открыт в ноябре 1967, до этого использовался городской аэропорт, расположенный на Каштаке. В 1978 году Томский аэропорт впервые отправил в рейс до Москвы собственный самолет Ту-154.
Аэропорт принимает воздушные суда следующих типов (на 2011 год): самолеты Ан-2, Ан-12, Ан-24, Ан-26, Ан-30, Ил-18, Ил-76, Л-410, Ту-134, Ту-154, Ту-204, Як-40, Боинг-737 (300, 400, 500, 800), Airbus A3...
Координаты - 56°22′49″N 85°12′29″E
Превышение ВПП над уровнем моря - 182 м