17 июля 2016 года с космодрома БАЙКОНУР успешно стартовала ракета-носитель «Союз-У» с транспортным грузовым кораблем (ТГК) «Прогресс МС-03». Пуск был осуществлен в 00:41 мск со стартового комплекса площадки №31. Через 9 минут после старта ТГК «Прогресс МС-03» отделился от третьей ступени РН «Союз-У» и приступил к выполнению программы полета по 2-х суточной схеме сближения с Международной космической станцией.